Слегка изменённое начало сюжета любимой гамезы от Square Enix - "Final Fantasy VII: Crisis Core". СОЛДАТ Зак Фэр, едва получив долгожданный Первый класс в результате затяжной операции по задержанию группы подрывников-повстанцев "ЛАВИНЫ" в районе Золотого Блюдца, попадает в не самую завидную заварушку...

Компания Шин-Ра находится на пике развития. Научные, экономические и военные изыскания корпорации сделали её незыблемым монополистом практически во всех сферах жизни общества. Ну а тотальный контроль за СМИ и совершенно незаметные "чистки" рядов неугодных окончательно закрепили за руководством компании негласный статус властителей планеты.

Но внутри компании тоже не всё ладно. Президент Шинра тяжело заболел и вынужден был отойти от дел. В его отсутствие делами компании по логике вещей должен быть заняться его сын, Руфус, вице-президент компании, однако, Шинра оставляет своим наместником пусть и не особенно разумного, но верного ему Хайдеггера. Руфус видится отцу излишне амбициозным и не готовым взять в свои руки управление корпорацией. Президент удаляется в особняк компании, располагающийся в городе Нибельхейм. Его сопровождают двое - профессор Ходжо и СОЛДАТ Первого класса Генезис Рапсодос.

Несложно предположить, что Хайдеггер не кажется Руфусу достойным преемником дела отца. А поскольку президент еще долго не сможет вернуться на руководящий пост, подобное назначение видится Руфусу не просто халатностью - настоящим предательством собственного сына, который уже не год и не два служит отцу "верой и правдой". Заручившись поддержкой Скарлетт, Верудо (глава подразделения Турков) и, частично, Лазарда (глава корпуса СОЛДАТ), Руфус вынашивает план смещения нерадивого Хайдеггера и возвращения власти к законному наследнику президентского кресла. Смерть самого Шинра также предусмотрена.

Для президента Шинра всё и в самом деле кончается плачевно - он элементарно просчитался в выборе эскорта. Видившиеся ему вполне лояльными, Ходжо и Генезис на самом деле изначально планировали совместный мятеж. Профессор не просто так вызвался в сопровождающие - документы из подвала особняка давно требовали его личного внимания, не говоря уже о содержимом Мако-реактора неподалёку. А поскольку его сын, Сефирот, и так уже являл собой идеальное человеческое существо, профессор счёл проект "Дженова" подлежащим официальному "закрытию". По крайней мере для вездесущих глаз компании. И единственным, кто мог ему в этом помочь был Генезис, мятежный воин, знавший куда больше, чем ему было нужно и желавший знать еще больше.

Руфус, желая прояснить истинные цели уединения отца в отдалённом городишке, уговаривает Лазарда отправить на "инспекцию" в Нибельхейм Энжила и Зака, мотивируя её необходимость полученной накануне запиской от отца, в которой якобы утверждается, что "Профессор Ходжо, одержимый научным демоном, проводит без ведома корпорации некие опыты, бесчеловечность которых равняется только безумию самого их организатора". Руфус изначально хотел привлечь к участию самого Сефирота, но тот оказался в данный момент вне расположения корпорации. Помимо Энжила и Зака, СОЛДАТ Первого класса, в "инспекции" участвует также Клауд, один из десяти сопровождающих лидеров СОЛДАТ нижнего ранга.

По приказу Ходжо Генезис переносит Дженову из реактора в новое, тайное расположение профессора. После оба возвращаются в Нибельхейм, где их встречают Энжил, Зак и остальные СОЛДАТы. Они требуют отчёт от Ходжо касательно "бесчеловечных опытов". Опасаясь, что и впрямь произошла утечка информации, профессор отдаёт приказ Генезису уничтожить отряд, а сам скрывается в особняке. Генезис понимает, что его использовали, но пути обратного нет - наблюдая только верхи из того, чем занимался Ходжо, он прекрасно отдаёт отчёт в том, что соучастнику этих деяний грозит нечто похуже простой смертной казни.

Поспешно собрав необходимые записи, Ходжо покидает особняк. А поскольку начавшийся бой протекал явно не в пользу его протеже, профессор решил прибегнуть к дистанционной детонации особняка установленной им же на такой вот крайний случай бомбой, использующей эффект расщепления материи "Огонь" Мастер-класса.

В момент взрыва с Генезисом сражался фактически один Зак - едва ли не смертельно раненого Энжила оттащили к особняку для оказания медицинской помощи трое выживших СОЛДАТ низших классов. Лишь Клауд чем мог помогал сражающемуся с предателем товарищу. Вспышка и ударная волна были такой силы, что все трое сражавшихся были отброшены за пределы городка и долго не могли придти в себя...

Очухавшись, Зак обнаружил рядом лишь Клауда. Генезис исчез. На месте особняка теперь стояла огромная чёрная воронка. Городок в огне, жители стараются спасти что можно. Поначалу Зак хотел помочь им, но ранение Клауда оказалось более серьёзным, чем он подумал сначала. Связавшись с Мидгаром, Зак услышал взвинченный голос Лазарда. Кажется, начальник сам не верил в то, что говорил: Ходжо прибыл в Мидгарскую резиденцию компании и объявил Энжила, Зака и всех прочих членов экспедиции мятежниками, вменяя им смерть президента и разрушение особняка с бесценными архивами информации. Зак, видевший можно сказать собственными глазами смерть учителя понял, что теперь он и Клауд - единственные выжившие, единственные, кто знает правду. Он понимал, что Шин-ра сделала их всех, особенно Энжила расходными козлами отпущения. А ещё он понимал, что они с Клаудом теперь вне закона и единственный выход из этой ситуации - искать очень надёжное убежище. И, кажется, Зак уже где-то слышал про тех людей, которые им были нужны.

Вскоре, при таинственных обстоятельствах был убит глава корпуса СОЛДАТ Лазард, возвращавшийся из краткосрочной коммандировки в Джунон. Его автомобиль был уничтожен на подъезде к столице точным попаданием из переносной ракетной установки кустарного производства. Официально единственным подозреваемым считается подпольная террористическая организация, именующая себя "ЛАВИНА". Отныне скорбящий по отцу Руфус Шинра занимает должность президента компании, опираясь в своей власти не в последнюю очередь на собственную гвардию - подчиняющийся ему лично корпус СОЛДАТ.

И в королевстве опять всё спокойно.